Si los enlaces de eD2k no se añaden a eMule cuando pinchas sobre ellos en el Explorador de Internet, es que el formato especial del enlace eD2k no está correctamente asociado. Comprueba el botón de Enlaces eD2k en Preferencias -> General. Si el botón está inactivo (en gris) puede ser que algunas entradas del registro de Windows se hayan estropeado. Descarga esta herramienta (por Resterampe) y elimina la antigua asociación, después pulsa el botón de Enlace eD2k otra vez..

Estas entradas de registro son las responsables del formato del enlace web:
HKEY_CLASSES_ROOT\ed2k\shell\open\command
Nombre: (Predeterminado)
Tipo: REG_SZ
Data: "Ruta a emule.exe (¡con las comillas!)" %1

y

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\ed2k\shell\open\command
igual que arriba

Opera
Opera 7.2x y superior
Abre eMule. En Opera ve a Preferencias -> Programas y rutas -> Protocolos y presiona el botón de Añadir. En el menú de diálogo, introduce ed2k en el campo de Protocolo y la ruta a eMule aparecerá automáticamente en Abrir con aplicación por defecto. En caso contrario, la ruta correcta para eMule.exe tendrá que ser introducida en el campo Abrir con otra aplicación.

Antiguas versiones de Opera:
Para permitir que los enlaces web funcionen desde Opera, hay que editar un archivo de configuración en la carpeta de instalación de Opera. Cierra Opera y abre uno de los archivos en un editor, por ejemplo Bloc de notas.
Opera 6.x:
Añade la línea TrustedExternalURLProtocols=ed2k bajo [User Prefs] en el archivo Opera6.ini y guárdalo.
Opera 7.x:
Para Opera 7.x añade la misma línea en el archivo OperaDef6.ini.

Mozilla, Firefox
Necesitarás un plugin para asociar diferentes formatos como eD2k a los navegadores Mozilla o Firefox. Consigue mozex (enlace de descarga alternativo), abre las preferencias de tu navegador e introduce
ruta_a_eMule\emule.exe %r
en la casilla de edicion de eD2k del plugin de mozex..

por ejemplo: C:\Archivos de programa\eMule\emule.exe %r