Hola,
Existen programas para ello, pero personalmente no me complico con Winrar se puede hacer perfectamente...
Una vez instalado winrar, marcas la carpeta que quieres codificar y le das botón secundario, pulsas en añadir al archivo... de ahí te vas a
establecer contraseña pones la contraseña que veas conveniente y marcas la casilla codificar nombres de los ficheros... vuelves a la pestaña general le pones un nombre, aceptas y listo...
Saludos!