Tal vez el disco del segundo Windows instalado no fuese original, tuviese errores, rayado, descargado de un P2P, etc.
Si dices que el 2002 te va bien puedes instalarlo y después te vas a
Windows Update y descargas el
Service Pack 2 (no hace falta reinstalar para tenerlo) además de las actualizacones que se necesiten.
Posiblemente sea tu solución y no deberías tener problemas aunque fuese un Home.
Haz lo que te indica
Hades2006, formatea en limpio borrando la partición y volviéndola crear, es la mejor manera. Suerte.