Descargué una pelicula en avi pero sin subtitulos y luego he bajado unos subtitulos en formato .sub en 2 archivos. Hay alguna manera de juntarlos y ponerlos con la pelicula que ya habia descargado o mejor me olvido de eso y busco de nuevo la pelicula con subtitulos incluidos?

Para juntarlos con este manual, fijate que hay un apartado para ello.

Y para pegarlos en .sub no te sirven, los debes convertir a .ssa, podes usar este programa.
Por ultimo para finalmente si pegarlos este otro manual.

Debo igual avisarte que dependiendo de tu objetivo para con ese video casi nunca hace falta pegar definitivamente los subs, hay otras formas en que pueden ser reproducidos en la mayoria de los casos.
El pegar los subtitulos tiene su desventaja evidente, la perdida de calidad en el proceso dado que es necesario recomprimir el video. Y ni hablar del tiempo que lleva una recompresion, tiempo que te podrias ahorrar.