Lamentablemente el Win Movie Maker es malisimo, muy inestable, asi que ese problema es nomas consecuencia de la mala calidad del programa.
Te recomiendo que pruebes con otro, algunos muy simples de usar serian estos: Magix Video Deluxe, Ulead Video Studio, Nero Vision, Pinnacle Studio, todos pagos.
Algunos gratuitos, pero ya solo en ingles y quizas menos intuitivos:
http://www.debugmode.com/wax/http://www.zs4.net/http://lives.sourceforge.net/