Desfragmentándolos en un inicio no tendria que dañarte los archivos ni mucho menos, todo lo contrario haria su acceso más rapido.
Cuando desfragmentas los archivos ordenas sus clústers posicionándolos contiguamente, y por tanto haciendo que la cabecera del disco dl duro se mueva menos por lo ke tenga ke hacer menos trabjo.
Existe un mínimo muy muy pekeño riesgo casi insignificante asi qñue puedes hacerlo tarnkilamente.
Un Saludo!