Bueno, al fin... me alegro que haya funcionado, y de paso te digo, este metodo de Avisynth podes usarlo con cualquier otro archivo raro que quieras pasar a AVI, como podria ser por ejemplo un MP4, como Avisynth se ocupa de decodificar el VirtualDub no se queja para nada, total recibe video y audio descomprimidos. Eso si, siempre hacen falta los decoders y splitters necesarios, ya que Avisynth no decodifica por si solo.
Si la verdad que quedo muy largo

, pero de seguro sirve para futuras referencias, creo que en lo que se refiere a conversion MKV a AVI no quedo nada sin discutir.
Finalmente, tema cerrado