Deberias haber pensado en crear el 5.1 antes de crear el DVD-Video, asi te ahorras el proceso que ahora consiste en extraer del DVD el audio estereo, recodificarlo a 5.1 y luego volverlo a multiplexar al DVD.
Para extraer y luego volver a unir el audio esta este manual
AQUI, que sirve para subtitulos pero es lo mismo para audio.
Para recodificar a 5.1 tenes esta opcion muy simple
AQUI. Tene en cuenta que estas emulando los 6 canales, si el audio original es estereo no hay forma de obtener un verdadero 5.1, pero igual sirve para escucharlo por todos los parlantes de un Home Theater.