No, pegados no estan... estan multiplexados en el MKV. Si estas convirtiendo a AVI entonces no podes conservalos de esa forma, ya que el formato AVI no soporta subtitulos multiplexados. Asi que debes extraer los subtitulos del MKV a un archivo aparte, podes hacerlo eso con la herramienta MKVExtract del paquete
MKVToolNix. Luego debes pegarselos al AVI durante la conversion, aunque puede que no haga falta, el reproductor de salon en el 90% de los casos soporta los subtitulos por separado, revisa el manual del aparato a ver si es asi y que formato de subtitulos soporta.