Hola
Nikkoo.
Solo veo dos posibilidades de hacer lo que pides.
La primera sería la sencilla si dispones de grabadora de DVDs, hacer un respaldo de esa carpeta en un disco y copiarla de nuevo después del formateo, es lo aconsejable y mas sencillo.
La segunda sería crearte antes del formateo una partición (te quedaría como Unidad
D) aunque fuese pequeña para pasar esa carpeta a ella y que de esta manera no se viese afectada por la nueva instalación, que la realizarías en la otra partición (Unidad
C).
Para redimensionar y crear la nueva partición deberías utilizar un programa como
Partition Magic (de pago) o
Gparted, gratuito.
Cualquier duda postea de nuevo. Saludos.