Hola, que tal!
Es increible como ultimamente vuelan los virus por medio de los pendrives!
Estos virus saben infectar a todas las unidades de tu sistema, de modo que cuando conectes tu pendrive se vuelva a infectar de inmediato..
haz esto, entra en CMD desde ejecutar, y pon edit C:\autorun.inf, y nos pasas el códidog que te aparezca y vemos como seguir con la solución, primero hay q ver si es el virus que creo que es.
un saludito.