No has de temer por la máquina, ni por tus datos, aunque ya señalé el pequeño riesgo que se corre cuando se toca el sistema de ficheros. Te voy a decir lo que yo haría y tu valoras si te parece bien la indicación.
Si dispones de espacio suficiente en disco para crear una nueva partición, la creas en FAT32, después "Copias" tus datos importantes a esa nueva partición (no "Muevas" por si el demonio está presente y se pierden en el camino).
Una vez salvados tus datos realiza el cambio de la antigua partición de FAT32 a NTFS. Después tienes la opción de quedarte así, con dos particiones, o reunificarlas de nuevo. Todos te aconsejaremos el que tengas tus datos en partición diferente al S.O. por seguridad.
Para particionar, fusionar, redimensionar y formatear tu disco tienes el programa
Partition Magic (de pago) o el
Gparted (gratuito) este último es el yo que utilizo y te recomiendo. Ahora debes valorar lo que quieres hacer y seguir los pasos anteriores. Ves diciendo algo. Saludos.