Lo suyo es, desde Windows Vista formatear la particion de Ubuntu, y seguidamente restaurar el arranque de Vista.
Pero mejor restaura primero el arranque, compruebalo, y despues formatea la particion de Ubuntu.
Formas de restaurar el arranque hay varias te pongo dos de ellas.
Una la explica en este Post de Lestat:
Recuperar Arranque Dual, despues, de la instalacion de otro sistemaY algo quizas mas sencillo y rapido es usar VistaBootPro desde windows vista para restaurar el arranque.
Arranque dual con VistaBootProSAludos.