Ok, genial. Entonces significa que en cierto modo aún están ahí. Veamos...
Seguramente siendo así, con un simple checkdisk repararás la escructura de los datos (seguramente el problema será un fallo en la estructura de los índices) y todo volverá a estar como antes. Sólamente tienes que entrar en la consola o "Símbolo del sistema" (Inicio-Programas-Accesorios-Símbolo del sistema) y escribir
chkdsk X: /f colocando en la X la letra de unidad que tu pc asigne al pendrive. Pero de todas formas aunque casi con total seguridad eso lo solucionaría todo, cabe la posibilidad de que encuentre todo pero en lugar de reparar los indices para que puedan visualizarse los archivos los renombre cambiando los índices, lo que haría que volvieran todos los archivos pero con nombres numerados y con extension .chk así que antes de eso sería recomendable que uses un programa de recuperación de datos. Hay muchos y algunos libres (gratuítos). Yo te recomiendo personalmente EasyRecovery, aunque es de pago y tendrías que conseguirlo primero, o Recovery my Files cuyo caso es el mismo, gratuítos tienes PC Inspector, Recuva o Pandora que yo conozca... Así te harías una recuperación de esos datos por si luego falla el chkdsk, si luego funciona como creo que hará, con borrar el respaldo teniendo ya segura la integridad de los datos listo.

Un saludo y suerte.