Estaba buscando en Google y no encontré nada parecido a lo que pides. Pero intenta hacer esto:
Sobre cualquier lugar de escritorio da click con el botón derecho del ratón y seleccionas la opción
cambiar el fondo de escritorio. Luego ves a la pestaña
"Efectos visuales". Allí selecciona el modo
"Normal" si no lo tienes seleccionado ya.
Este modo permite las transparencias, y no requiere una gráfica muy potente.
De todas formas, si te sigue sin ir, no es tan grave, podrías buscarte un theme que no requiera aceleración 3D. Los hay muchos y muy bonitos.
Puedes buscar alguno en
Gnome-Look. Creo que algunos temas que no requieren aceleración los encontrarás en
Icons -> Icons Themes.
Un saludo!!