Comando Grub

Me he hecho con un disco duro de un ordenador viejo.Lo quiero usar para cargar juegos de la Wii,pero tengo un problema que ya me ha hecho formatear una vez y no quiero repetir la jugada.
Conecto el disco duro externo por un conector IDE que tengo y no me reconoce el disco,y cuando reinicio me sale una pantalla con el comando "Grub" que creo que es de Linux.El caso es que parece que el pc considera que debe iniciar con el disco duro aunque lo desenchufe,y ya no me deja cargar ningun SO en ninguna de las particiones que te tengo.
Resultado: tengo que usar el disco del windows 7 para recuperar el inicio de la particion que no he usado,pero la que he utilizado para arrancar el disco duro externo tengo que formatearla porque no me va.
¿Como puedo formatear ese disco duro externo sin que se cargue mi SO?
gracias

Desconozco si es ATA o SATA, de ser ATA 1 debe ser maestro y el otro esclavo.

Si es SATA tienes 2 opciones.

Deja el disco principal con windows en el Slot SATA1 de la Placa Madre y el que vas a formatear en SATA2

U la otra opcion desde la BIOS u opcion de arranque del equipo elije para arrancar el que tiene windows, me parece raro que el disco esclavo sobreescriba el MBR del otro disco.

Trata y nos dices, Saludos