Una regla que tienes que respetar a la hora de instalar varios Windows es que debes empezar instalando la versión mas antigua y acabar por la mas nueva, así no tendrás conflictos y la ultima (caso del XP) te creara un gestor de arranque para que puedas arrancar con uno u otro.
Volviendo a leer tu post me queda la duda si lo que quieres es instalar el win2000 por el XP Home, si es eso deberás de formatear, para poderlo instalar el win 2000.
Un saludo, jbex.