A ver, explicame algo.
Tu quieres formatear todo el disco y después instalar el Windows 98 ?
Puedes intentar bajarte el diskwizard desde la zona de descargas y usarlo para preparar el disco y después instalar el sistema operativo que desees, pero en este caso también necesitarás poder arrancar el PC desde floppy.
Si no te reconoce el floppy para arrancar probablemente sea porque no tienes configurado el setup para arrancar desde el.
Las teclas para entrar al setup suelen ser la de retroceso (Supr) o en otros casos F2 pero puede cambiar segun el modelo y marca así que en eso no te puedo ayudar. Tambien puedes intentarlo con F12 y en lo general o es la tecla supr o es algúna tecla de funcion F así que será cuestion de ir probando que tampoco son muchas y recuerda que la tienes que pisar antes de que se inicie a cargar el sistema operativo, no despues.